Le diagnostic génétique standard est basé sur l'amplification par PCR d'une quantité d'ADN génomique de l'ordre de 100 nanogrammes (provenant d'environ 20.000 cellules). En DPI, la PCR s'applique à l'ADN d'une seule cellule, soit environ 7 picogrammes d'ADN (20.000 fois moins qu'en conditions normales).

    Cette infime quantité de matériel génétique disponible pour l'analyse en DPI nécessite la réalisation d'un grand nombre de cycles de PCR pour que la séquence amplifiée soit en quantité suffisante pour être analysable. L'introduction accidentelle d'ADN exogène doit donc être absolument évitée.

    Les sources de contamination spécifiques au DPI peuvent être des cellules folliculaires d'origine maternelle entourant l'ovocyte, les cellules des manipulateurs réalisant la FIV ou le DPI, ou des produits d'amplification de manipulations précédentes.

    Il est donc impératif de travailler dans un laboratoire strictement dédié à l'étude des cellules isolées (matériels et réactifs réservés à cet usage), isolé des locaux dans lesquels sont analysés les produits d'amplification, et de revêtir une tenue vestimentaire adaptée.